La quinua es uno de los cultivos considerados como delicados en cuanto a manejo y cuidados de la cosecha. La cosecha de quinua debe realizarse con la debida oportunidad para evitar no solo las pérdidas por efectos adversos del clima y ataque de aves sino, el deterioro de la calidad del grano. Si a la madurez del cultivo hay un período de humedad ambiental alta (superior al 70%), se produce la germinación de los granos en la panoja, con la consiguiente pérdida de la cosecha o por lo menos se produce una oxidación o cambio de color de los granos, con la consiguiente pérdida de la calidad de la cosecha (Nieto y Vimos 1992). La quinua debe ser cosechada cuando las plantas se hayan defoliado y presenten un color amarillo pálido o los granos hayan adquirido una consistencia tal que resistan a la presión con las uñas. En áreas húmedas como la Sierra Norte de Ecuador y Sur de Colombia, es aconsejable hacer coincidir la cosecha de la quinua con la época seca del año (de junio a septiembre), para evitar pérdidas o deterioro de los granos por efecto de la humedad ambiental (Nieto, Castillo y Peralta, 1986).
La cosecha tradicional de quinua en la Zona Andina es totalmente manual. En Perú y Bolivia, es común el arranque de plantas, las que al salir con las raíces acarrean tierra que al momento de la trilla se mezcla con el grano desmejorando su calidad (Tapia, 1990). En Ecuador y Colombia, la siega se hace con hoz (Figura 9.1), las gavillas se transportan a eras, en donde son trilladas a golpes de garrote o con pisoteo de animales. También es muy común la trilla manual, friccionando las panojas sobre piedras o superficies duras (Figura 9.2), aunque este sistema se realiza con quinua recién cortada, es decir cuando las plantas y panojas están blandas y no lastiman las manos. En otros casos las panojas son almacenadas en parvas (Figura 9.3) o secadas en el campo, en hileras junto a tapiales, cercas o paredes de las viviendas, para luego ser trilladas. La formación de arcos o parvas, también se hace en Perú y Bolivia, para evitar que la cosecha se malogre por la presencia de lluvias o nevadas que manchan el grano (Tapia, 1990). Las plantas se ordenan en estos arcos o parvas en forma de techo a dos aguas, luego se cubre con paja, para esperar una o dos semanas hasta que las plantas tengan la humedad conveniente para la trilla.
Un sistema mejorado de cosecha de quinua consiste en la utilización de trilladoras estacionarias, aunque la siega y transporte de las gavillas se hace manualmente. Varios modelos de trilladoras de cereales han sido adaptados para la trilla de quinua, en otros casos se han creado prototipos específicos para quinua, todos con aceptable efectividad y rendimiento. Los principales ajustes a realizarse en los modelos de trilladoras de cereales son: disminución del flujo de aire en el ventilador, colocación de una malla metálica fina en el dispositivo de salida de granos, disminución de los dientes o ganchos trituradores en el cilindro y cóncavo y aumento de la velocidad del cilindro. Un detalle importante en este caso, es que las panojas a trillar deben estar completamente secas, para evitar atascamientos en los compartimentos de trilla y de salida de desperdicios. Cuando las panojas están húmedas o verdes, se obtiene grano sucio o, las pérdidas del mismo son excesivas durante el proceso de trilla. Entre las ventajas del uso de estas trilladoras se pueden mencionar: el fácil manejo, la facilidad de transporte y pueden ser adquiridas a precios relativamente razonables por agricultores, asociaciones o cooperativas de productores.
Entre los varios modelos de trilladoras estacionarias que han sido adaptados y probados para la trilla de quinua en Ecuador, se pueden mencionar las siguientes: las trilladoras "Pullman" y "Almaco" de fabricación Americana, la trilladora "Nogueira BC-80" de fabricación Brasilera, la trilladora "Vencedora" de fabricación Colombiana, todas ellas con buenos resultados y con la ventaja de que no son modelos exclusivos y pueden ser usados para la trilla de varios tipos de granos (Nieto y Vimos, 1992). En la Tabla 9.2, se presentan los resultados de un experimento comparativo de la eficiencia y capacidad de trilla de varios modelos de trilladoras, en comparación con la trilla manual, lo que demuestra la eficiencia de estas máquinas estacionarias para la trilla de quinua.
En Perú también se han ensayado varias trilladoras estacionarias, unas movidas con motor propio y otras adaptadas al toma de fuerza de un tractor. Las trilladoras de las marcas Triton y Turner son las que han dado resultados satisfactorios (Tapia, 1990), sin embargo este autor indica que el uso de las trilladoras estacionarias resulta económico a partir de cinco hectáreas de cultivo.
Tabla 9.2. Parámetros de funcionamiento y eficiencia de algunos modelos de trilladoras y métodos de trilla de quinua (Nieto y Vimos, 1992) 
