La quinua normalmente se reproduce por la vía sexual, es decir, mediante semilla botánica, aunque la propagación asexual no esta descartada al menos en condiciones experimentales. La reproducción sexual es un proceso biológico que implica la formación de gametos masculinos y femeninos, la posterior fusión de éstos permite la formación del cigote el que mediante divisiones celulares consecutivas y la diferenciación forma el embrión de cuya estructura nace una nueva planta. Los procesos de meiosis y la fecundación implicados en la reproducción sexual conducen a la generación de la variabilidad genética. Esta variabilidad es mayor en especies alógamas y menor en autógamas, de todos modos la reproducción sexual constituye una fuente importante de variación, la misma que es aprovechada en el mejoramiento genético de los cultivos.
Las investigaciones en la biología floral han mostrado una diversidad en las estructuras florales. Simmonds (1965) al estudiar las chenopodiaceas del altiplano ha descrito plantas con flores ginomonoicas y ginodioicas. Rea (1969), ha encontrado flores femeninas y hermafroditas en una misma inflorescencia. Por su parte, Gandarillas (1979), menciona que la quinua presenta flores con gineceo y androceo (flor perfecta), flores pistiladas (flor imperfecta) y flores andrestériles. Los tres tipos de flores se encuentran distribuidos en diferentes plantas de una misma variedad o en diferentes partes de una misma inflorescencia. Lescano (1994), reporta resultados similares sobre la biología reproductiva y una posible protandría.
Las investigaciones en la biología floral han mostrado una diversidad en las estructuras florales. Simmonds (1965) al estudiar las chenopodiaceas del altiplano ha descrito plantas con flores ginomonoicas y ginodioicas. Rea (1969), ha encontrado flores femeninas y hermafroditas en una misma inflorescencia. Por su parte, Gandarillas (1979), menciona que la quinua presenta flores con gineceo y androceo (flor perfecta), flores pistiladas (flor imperfecta) y flores andrestériles. Los tres tipos de flores se encuentran distribuidos en diferentes plantas de una misma variedad o en diferentes partes de una misma inflorescencia. Lescano (1994), reporta resultados similares sobre la biología reproductiva y una posible protandría.
Con respecto a la forma de fecundación en la quinua, Simmonds (1965), menciona que la quinua (Chenopodium quinoa Willd.) la kañahua (Chenopodium pallidicaule Aellen) y Huauzontle (Chenopodium nuttalliae Safford) son especies autógamas, afirmación similar ha sido reportada por Wilson (1988). Los ensayos conducidos por Gandarillas (1976), para determinar la forma de fecundación de la quinua en el altiplano, zona de origen y de mayor producción de la quinua, ha reportado porcentajes variables de cruzamiento natural que varia desde 1.5% para una distancia de separación de 20 m hasta 9.9% a 1 m de separación de plantas. Lescano ha reportado 5.78% de alogamia y 94.22% de autogamia. Según los resultados encontrados sobre la fecundación de la quinua, el porcentaje de alogamia no sobrepasa el 10% de cruzamiento natura. Los resultados anteriores muestran que la quinua tiene al menos un 90% de autogamia, siendo más o menos similar al grado de autogamia presente en el arroz y sorgo (House, 1982 y Jennings et al. 1981). Sobre la base de estos resultados, la quinua ha sido considerada como especie autógama con fecundación cruzada frecuente (Gandarillas, 1979); por tanto, en el mejoramiento genético de la quinua se han aplicado preferentemente los métodos recomendados para autógamas y especialmente aquellas aplicados en el sorgo y arroz.
Erquinigo (1970), ha propuesto un método para determinar la autopolinización y polinización cruzada, describiendo una serie de características morfológicas del gineceo y androceo en plantas marcadas. Los numerosos categorías propuestas aparentemente no superan la eficiencia del método empleado por Gandarillas y recientemente por Silvestre y Gil (2000).
Por otra parte, recientes trabajos de investigación de Silvestre y Gil (2000), conducidos en Mendoza, Argentina, han encontrado un 17.36% de alogamia trabajando con las variedades Sajama (verde) y Paca (rojo), este resultado duplica lo reportado por Gandarillas, sin embargo, los resultados de Silvestre y Gil (2000) provienen de estudios conducidos en condiciones ambientales distintos a las condiciones naturales de adaptación de la especie.
El grado de alogamia de las plantas depende de varios factores inherentes a la planta y al medio ambiente. En el caso de la quinua, el grado de alogamia depende de las características en la morfología floral, aspectos genéticos y la influencia del medio ambiente. Risi y Galvey (1984), sostienen que el cruzamiento puede estar influenciado por la velocidad del viento, la proporción de flores femeninas y flores androestériles y la autoincompatibilidad. A esto se debe agregar la presencia de flores pistiladas y flores protóginas en una misma planta o en distintas plantas de la misma variedad. A mayor frecuencia de estos tipos de flores o mayor frecuencia de plantas con estos caracteres, mayor será el grado de polinización y fecundación cruzadas. Otros factores que influyen son la temperatura y la presencia insectos. Las temperaturas mayores a 30o C afectan negativamente sobre la factibilidad de la antesis retardando o impidiendo este proceso como también reduciendo la viabilidad del polen; por otra parte, temperaturas frías inducen a la androesterilidad temporal en algunos ecotipos y variedades. En cambio, la intensidad y frecuencia de vientos actúan como agentes de transporte del polen. Finalmente, la presencia de insectos del grupo de los trips que son muy frecuentes en la fase de floración probablemente actúa como vectores de transporte de polen. Lescano (1994), admite la posibilidad de que los pulgones verde (Aphis sp.) sean agentes polinizadores. La influencia del viento y los insectos sobre la polinización cruzada depende de la distancia de separación de las plantas o variedades.
El grado de alogamia en la quinua constituye uno de los factores importantes de mezcla genética de las variedades y ecotipos comerciales, por lo que es una característica desfavorable para la conservación de la pureza varietal. El grado de alogamia se puede reducir con algunas prácticas como selección negativa o purificación de plantas androestériles y plantas con flores pistiladas y protóginas, como también mediante practicas de aislamiento en espacio, tiempo y ciclo del cultivo.
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