Aparentemente, el inconveniente de eliminación de saponinas, de los granos de quinua, se ha superado en gran medida con el uso de "quinuas dulces", que son variedades obtenidas por mejoramiento genético cuyo contenido de saponina es mínimo y que para su consumo únicamente hace falta un ligero lavado o escarificado de los granos. Dentro de las variedades seleccionadas con características de bajo contenido de saponina sobresalen la Sajama en Bolivia, la Blanca de Junín en Perú y la Tunkahuán en Ecuador. Pero para algunos autores como Bacigalupo y Tapia, 1990, la opción agroindustrial de desaponificado es la más conveniente, debido a las siguientes razones: a) las saponinas serían factores protectores de la planta y de los granos de quinua, b) es muy difícil mantener la pureza varietal de las variedades seleccionadas por bajo contenido de saponina, c) el daño causado por pájaros es mayor en los campos sembrados con variedades de bajo contenido de saponina y, d) aparentemente, las variedades de bajo contenido de saponina son más afectadas por insectos y enfermedades, lo que llevaría a la aplicación de pesticidas. Por todas esas consideraciones, la eliminación de saponinas de la quinua debe hacerse por procedimientos agroindustriales, para lo cual, se han estudiado varias alternativas.
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