La proliferación de plagas en el cultivo de quinua fue resultado de la expansión de este cultivo de las laderas hacia una agricultura semi intensiva en las planicies, las causas principales, el uso de pesticidas, que al principio aparentemente fueron muy beneficiosas, pero al transcurrir los años los efectos resultaron contraproducentes, afectando los rendimientos con bajas considerables y el deterioro del ecosistema del Altiplano Sur.
En la década del 90 se inició e intensificó la producción de quinua orgánica a consecuencia del cada vez exigente mercado externo que demandaba productos orgánicos. Según información de algunas organizaciones de productores se conoce que inicialmente la Central de Cooperativas "Operación Tierra" y posteriormente la Asociación Nacional de Productores de Quinua ANAPQUI, incursionaron en la exportación de quinua Real a diferentes países. La comercialización de quinua orgánica se inició en 1991 en la Sociedad Provincial de Productores de Quinua " SOPROQUI" (Nor Lipez) del departamento de Potosí, como consecuencia de un compromiso de venta de quinua a JEPA en Alemania (J.C. Aroni, comm.pers.).
Para la producción de quinua orgánica en sus inicios se establecieron algunas obligaciones como el diagnóstico de parcelas, el seguimiento del proceso de producción y un sistema de acopio para la producción de 200 ha, siendo el primer certificador Natur Land con su representante Franz Hausburger de Suiza. En la actualidad la producción de quinua orgánica es certificada por BOLICERT en coordinación con Natur Land, Ecocert, Ocia y QAI.
La producción de quinua orgánica constituye una alternativa para los productores de quinua real en el Altiplano Sur y por su naturaleza ecológica, está en total concordancia con las políticas nacionales de desarrollo agropecuario rural que propone el Ministerio de Agricultura de Bolivia respecto a que el sector agrícola debe ser: competitivo, sostenible, equitativo, articulado y fundamentalmente participativo.


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